As principais metas e iniciativas do Planapo são destinadas a fortalecer as redes de produção de base agroecológica e orgânica, aumentar a oferta de Assistência Técnica e Extensão Rural (Ater) com foco em práticas agroecológicas, ampliar o acesso à água e a sementes, fortalecer as compras governamentais de produtos, ampliar o acesso dos consumidores a alimentos saudáveis, sem uso de agrotóxicos ou transgênicos na produção agrícola, fortalecendo, assim, economicamente as famílias agricultoras.
Além disso, busca-se ampliar o acesso à terra e aos territórios, como forma de promover o etnodesenvolvimento dos povos e comunidades tradicionais, povos indígenas e assentados da reforma agrária, além de apoiar a produção, beneficiamento, armazenamento, distribuição e comercialização dos produtos da sociobiodiversidade e a ampliação de sua visibilidade e consumo.